Η φροντίδα για συλλογή υγιών καρπών της πορτοκαλιάς, όπως και των λοιπών εσπεριδοειδών, θα πρέπει να αρχίζει πριν από το φθινόπωρο. Τότε υποστυλώνονται οι χαμηλοί κλάδοι, ώστε να μην βρίσκονται κοντά στο έδαφος και γίνεται ψεκασμός των δέντρων και κυρίως των ποδιών των δέντρων με χαλκούχο σκεύασμα. Ο ψεκασμός αυτός προστατεύει τους καρπούς μέχρι 4 μήνες.
Συλλέγονται μόνο οι υγιείς καρποί, χωρίς φύλλα και μίσχο για την αποφυγή της μετάδοσης σοβαρών ασθενειών, όπως του ιού της τριστέτσας και του άκαρι Eutetranychus orientalis.
Απορρίπτονται όσοι έχουν ακόμη και πολύ μικρές πληγές. Τα καφάσια και γενικά τα δοχεία όπου τοποθετούνται οι καρποί αμέσως μετά την κοπή τους από τα δέντρα πρέπει να είναι εντελώς καθαρά, απολυμασμένα με διάλυμα χλωρίνης και εντελώς στεγνά.
Οι καρποί των εσπεριδοειδών μπορούν να παραμένουν για μεγάλα διαστήματα πάνω στα δέντρα χωρίς σημαντική εμπορική υποβάθμιση, ειδικότερα τα γκρέιπ φρουτ όταν βοηθούν οι καιρικές συνθήκες (έλλειψη παγετών, ισχυρών βροχοπτώσεων).
Οι όποιες βλάβες στην επιδερμίδα των καρπών αποτελούν αφύλακτη είσοδο για τα πενικίλλια, μύκητες που προκαλούν τις πολύ γνωστές κοινές σήψεις. Εάν οι καρποί των εσπεριδοειδών προορίζονται για εξαγωγή ή πρόκειται να διατηρηθούν για σχετικά μεγάλο χρονικό διάστημα, είναι απαραίτητη η προληπτική χημική μετασυλλεκτική καταπολέμηση.
Για να είναι επιτυχής η χημική καταπολέμηση, πρέπει να εφαρμοστεί το ταχύτερο δυνατό μετά συγκομιδή. Όμως τα φάρμακα αντιμετωπίζουν μόνο πρόσφατες μολύνσεις.